Bereits seit dem ausgehenden 13. Jahrhundert ist der Bär das Wappentier von Berlin und ziert deshalb auch das Stadtwappen. Jedoch musste sich der Bär das Wappen mit dem Adler, dem Wappentier von Brandenburg und Preußen, teilen. In seiner heutigen Form gilt das Wappen, welches nunmehr lediglich den Berliner Bären auf einem silberförmigen Schild zeigt, seit 1954.
Nachdem während des 12. und 13. Jahrhunderts vermehrt Städte gegründet worden waren, forderten diese nun auch Siegel und Wappen, um amtliche Schriftstücke zu besiegeln und zu beglaubigen. Verliehen wurden diese vom jeweiligen Grund- oder Landesherrn. Im Fall von Berlin waren dies die Markgrafen von Brandenburg, deren Wappentier ein roter Adler war. Dieser musste also auch in das Berliner Siegel aufgenommen werden.
Urkundliche Überlieferungen aus Berlin sind aus den verschiedensten Gründen relativ rar. Jedoch stammt das älteste erhaltene Siegel, aus dem Jahr 1253, wird aber noch nicht vom Berliner Bären geziert. Mit diesem Siegel wurde bestätigt, dass in der Stadt Frankfurt an der Oder nunmehr das Berliner Stadtrecht gilt. Entdeckt wurde dieses Dokument Mitte des 19. Jahrhunderts im Frankfurter Archiv, jedoch ist besagtes Dokument in den Wirren des Zweiten Weltkrieges verloren gegangen.
Der Bär taucht hingegen erst auf einem Siegel aus dem Jahr 1280 auf und beglaubigt einen Gildebrief der Berliner Kürschner. Im Zentrum dieses Siegels steht nach wie vor der Adler Brandenburgs, allerdings wird dieser von zwei Bären flankiert, die mit erhobenen Pranken dastehen. Dies betrachten Experten als einen Hinweis auf die Eigenständigkeit der Stadt.
Warum sich Berlin für den Bären als Wappentier entschied, lässt sich mangels Unterlagen aus jener Zeit nicht mehr genau rekonstruieren. Nach einer weit verbreiteten Vermutung geht der Bär auf Albrecht I. zurück. Dieser Eroberer hatte die Mark Brandenburg begründet und auch Berlin weiter ausgebaut. Andere Forscher wiederum gehen davon aus, dass der Bär, der das Wappen seit 1280 ziert, sich vom Stadtnamen ableitet und der Bär eigentlich ein Bärlein ist.
Der Adler begleitete den Bären im Berliner Stadtwappen noch bis ins 19. Jahrhundert hinein. Allerdings wurde die Darstellung des Bären im Lauf der Jahrhunderte mehrfach verändert. Beispielsweise wurde das Raubtier in einem Siegel aus dem Jahr 1338 mit einem Halsband gebändigt dargestellt. Als gebändigtes Raubtier, das unter der Herrschaft des Adlers steht, wurde der Berliner Bär sogar noch 1709 dargestellt, als Berlin zur Residenzstadt wurde. Es sollte bis 1875 dauern, bis der Bär wieder wild und ungebändigt dargestellt wurde. Das alleinige Wappentier der Stadt wurde der Bär aber erst, als 1920 Groß-Berlin gebildet wurde.
Das Märkische Museum in Berlin erhielt am 17. August 1939 vier Bären, die fortan als lebende Wappentiere in einem Bärenzwinger im Köllnischen Park lebten. Dieser Ort wurde gewählt, weil er sich in der Nähe des Nikolaiviertels und der Fischerinsel befindet, welche als Keimzelle der Doppelstadt Berlin-Cölln gelten. Eingerichtet wurde der Bärenzwinger in einem früheren Straßenreinigungsgebäude, um welches ein Wassergraben gezogen wurde. Folgende Bären hatten nunmehr hier eine Heimat:
Zuletzt gab es allerdings mehrfach Kritik am Berliner Bärenzwinger, weil die Haltungsbedingungen als nicht artgerecht beurteilt wurden. Seit Schnutes Tod gibt es nun im Berliner Bärenzwinger kein lebendes Wappentier mehr.